Skuteczne oczyszczanie wody obiegowej wykorzystywanej do oczyszczania pojazdów kontenerowych, będących na podstawowym wyposażeniu linii oceanicznych, można prowadzić metodami fizykochemicznymi lub fizykochemiczno-biologicznymi z końcową ich dezynfekcją. Znacząca nierównomierność składu jakościowo-ilościowego ładunków zanieczyszczeń, w takich przypadkach preferowane jest oczyszczanie fizykochemiczne, po którym wody mogą być, po uzupełnieniu strat objętościowych ponownie wprowadzone do obiegu użytkowania - na cele oczyszczania powierzchni.